2002年6月29日，我国第一部关于科普的法律——《中华人民共和国科学技术普及法》正式颁布实施。2003年6月29日，在《科普法》颁布一周年之际，为在全国掀起宣传贯彻落实《科普法》的热潮，中国科协在全国范围内开展了一系列科普活动。自此，中国科协每年都组织全国学会和地方科协在全国开展科普日活动。从2005年起，为便于广大群众、学生更好地参与活动，活动日期由原先的6月份改为每年9月第三个公休日，作为全国科普日活动集中开展的时间。
一直以来，全国科普日活动都得到了中央领导同志，特别是中央书记处的高度重视和关心。自2004年全国科普日活动以来，中央书记处领导同志每年都莅临全国科普日北京活动现场，与首都各界群众一起参与科普日活动，起到了很好的表率作用。全国各地主要党政领导也都参加当地的科普日活动。
2009年底，中央书记处在听取中国科协党组工作汇报的时候，进一步明确要继续办好全国科普日活动，并且提出“中央书记处全体同志都要继续参加全国科普日活动”，进一步体现了中央领导对全国科普日活动的关心、重视和支持。
